中国科大EMBA教育项目于2009年6月获得批准，成为国务院学位办批准的全国第二批开办EMBA项目的院校之一，也是目前安徽省唯一获准开设EMBA项目的院校。学校高度重视EMBA项目，按照“打造国内一流EMBA品牌”的目标，加强师资队伍、硬件设施和服务系统的建设。自2009年秋季开始招生以来，已有900余名同学加入了中国科大EMBA大家庭。

学校高度重视EMBA项目，按照“打造国际水准、国内一流EMBA品牌”的目标，配备了现代化硬件设施和完善教学服务系统。学校EMBA课程设置注重理论 学习的系统性、前瞻性及应用性，体现高水准、深层次的特点。面向国际化市场竞争的环境，从满足国家、社会、企业对高层次管理人员的教育需求入手，开发国际 化视野与本土化特色相融合的EMBA课程体系。旨在帮助学员系统掌握国际工商管理核心知识、最新理念和运作方式，全面提升决策能力与领导能力。

2014年11月中国科大管理学院顺利通过国际精英商学院(AACSB)认证，是全球首家按最新标准，也是中国大陆前10所通过国际精英商学院(AACSB)认证的学院。2016年3月管理学院顺利通过AMBA国际认证并获得五年(最长的)认证周期。此外，EQUIS和CAMEA认证均已正式启动，各项工作进展顺利。