在人才培养方面,研究院早期曾与美国乔治亚理工学院联合培养过5届、共57位ISyE双硕士学位学生。研究院在“管理科学与工程”一级学科下招收与培养“管理科学与工程”、独立招收和培养物流工程与管理专业学位硕士研究生(全日制)与工程管理专业学位硕士研究生(非全日制,双证);并从2020年起在交通运输领域招收和培养物流工程方向工程博士研究生(双证,全日制和非全日制)。先后培养博士和硕士毕业生200多人;毕业生质量优秀,毕业去向主要为国有大中型企业和世界著名企业、党政机 关、出国留学、自主创业。
研究院自2011年开始,在“管理科学与工程”和“自动化”两个博士后流动站招收优秀青年学者从事博士后研究工作,先后有超过20位中外优秀青年学者到站工作,在国家及省部级项目、博士后基金、高水平论文发表、政企问题咨询与研究等多方面取得优异成绩;有9人获得博士基金,2人先后获得中国博士后基金特别资助项目,1人获得国家外专局“外国青年人才引进计划”项目,1人入选“上海交通大学师资储备计划”并留校任教。2人获得上海市超级博士后支持计划(2018、2019);目前在站博士后10名(其中1名印度籍);已出站16名(其中1名意大利籍、1名伊朗籍)。