新疆大学现有各级各类科研平台(团队)80个,其中,自治区级协同创新中心2个,校级协同创新中心8个;科技部省部共建国家重点实验室培育基地1个,教育部重点实验室3个,自治区重点实验室(工程技术研究中心)11个,自治区高校重点实验室7个,校级重点实验室17个;教育部工程研究中心1个,自治区工程技术研究中心2个;教育部人文社会科学重点研究基地1个,自治区高校人文社科重点研究基地9个,校级人文社科重点研究基地3个;国家理科基础科学研究与教学人才培养基地1个;教育部创新团队3个,教育部培育创新团队1个,教育厅科研创新群体7个,校级创新团队5个。
根据教育援疆安排,清华大学等10所高校团队式对口支援新疆大学。学校先后与美国、俄罗斯等30多个国家和地区的160多所大学和科研院所建立了教育交流与合作关系,与60多所国外大学和教育机构签署了教育交流与科研合作协议,在吉尔吉斯斯坦、俄罗斯设立了3所孔子学院/孔子课堂,其中吉尔吉斯比什凯克人文大学孔子学院于2016年,荣获国家汉办“全球优秀孔子学院”称号。